До XX века исследования Белого моря, в том числе и Кандалакшского залива, имели преимущественно гидрографический и портоизыскательский характер.

14 августа 1912 года в Кандалакше «для изучения района в гидрометеорологическом отношении, а в дальнейшем и для синоптического освещения в целях обслуживания промыслов и обеспечения безопасности мореплавания в прибрежной зоне», отделом торговых портов были организованы гидрометеорологические наблюдения.

Первоначально станция находилась в районе морского порта, расположенного в устьевой части р. Нивы. Позже метеоплощадка станции переносилась, но перерывов в работе не было.

В момент открытия гидрометстанции пристань Кандалакши состояла из ряжевого пирса длиной в 20 сажень, где был проложен временный рельсовый путь. Сегодня, Кандалакшский порт – это крупномасштабное механизированное транспортное предприятие, способное принимать суда с любым водоизмещением (глубина в порту 45 м). Прогнозы погоды, составленные Мурманским Гидрометцентром с учетом гидрометнаблюдений ОГМС «Кандалакша», помогают правильно спланировать прием судов под погрузку, предотвратить аварийную ситуацию. Открытие современного порта Витино позволило увеличить объем нефтеперевозок. Сроки навигации продлены до максимально возможных. «Ледовая компания», в особо суровые зимы поддерживаемая с помощью ледоколов ММП, не может обходиться без данных о ледовой обстановке в Кандалакшском заливе.

В настоящее время работниками станции в полном объеме выполняются метеорологические и аэрологические наблюдения. В порту находится водпост, на котором ведутся наблюдения за направлением и скоростью ветра; мореограф регистрирует уровни воды. Большие требования предъявляются к измерениям солености воды. В зимний период производятся наблюдения за ледовой обстановкой и толщиной льда. Полученные данные передаются в Мурманское УГМС по электронной почте.

Аэрологические наблюдения, производимые на ОГМС «Кандалакша» с 1957 года, в совокупности с наблюдениями на АЭ «Мурманск» позволяют создать объективную картину процессов, происходящих в верхних слоях атмосферы над Кольским полуостровом, информация о которых необходима для точности прогнозов погоды.

На станции трудится стабильный коллектив высокопрофессиональных специалистов. С 1985 года работу Объединенной гидрометстанции возглавляет Александр Анатольевич Сибирцев. В 1999 году Указом Президента России ему присвоено Почетное звание «Заслуженный метеоролог Российской Федерации». С 1960 года работает на станции Элеонора Алексеевна Дягилева; с 1975 – Ольга Константиновна Ждановская, руководящая группой метеорологов. Много лет аэрологическими наблюдениями на станции занимается Афина Христофоровна Смирнова. С 1981 года бесперебойную работу технических средств обеспечивает специалист – электроник Сергей Семенович Потапов.

За почти вековую историю работы станции накоплены богатейшие материалы с метеорологическими, морскими и аэрологическими данными.

В 2005 году решением Секретариата Всемирной метеорологической организации, ОГМС «Кандалакша» награждена Похвальной грамотой в знак признания заслуг в проведении высококачественных наблюдений.